Orografía
El departamento posee grandes llanuras aluviales y bañados, muchos de los cuales se presentan algo turbios, y una vasta complejidad de lagos y lagunas de mayor envergadura. Cerros tales como el Alférez, el San Miguel entre otros, contrastan por sus acabados rústicos con la simplicidad de los esteros, como lo son los Bañados de las Maravillas, San Miguel, India Muerta y un largo etcétera. Provenientes de la cadena serrana de Carapé, se adentran sobre su territorio las cuchillas de Averías y Carbonera, culminando en las pintorescas elevaciones de Bella Vista y la Blanqueada. También encontramos a las sierras de los Ajos y de los Rochas, junto a los cerros Vigía y Áspero. El litoral rochense se compone de extensas playas a menudo acompañadas de pedruscos sometidos a la erosión de las fuertes corrientes marinas que suelen castigar a la costa departamental y, en ocasiones, representan un peligro para los bañistas. Se ajustan a la susodicha descripción zonas arenosas como el cabo de Santa María, Cabo Polonio, Valizas, Punta del Diablo y La Pedrera, entre otras. Algunos pequeños islotes como las Islas de Torres, Verde, o la Coronilla son frecuentes a distancias que no se separan mucho de la ribera.

Hidrografía
La cuenca del Atlántico se encuentra separada de la laguna Merín, por medio de la cuchilla de Carbonera, que es bañada por el Río Cebollatí, donde los arroyos de Aiguá y Alférez vierten sus aguas en el oeste de Rocha. El arroyo San Miguel marca el límite natural con el estado brasileño de Río Grande del Sur, mientras que el río San Luis desemboca, tras recibir a sus afluentes de India Muerta y otros bañados, sobre la laguna Merín, relacionada a su vez con las lagunas de Garzón, Castillos, Rocha, Negra (o de Difuntos), entre otras. En cuanto al océano Atlántico, éste no recibe prácticamente a ningún arroyo, a excepción del Valizas.