Orografía
Flores tiene el suelo ondulado por la Cuchilla Grande, que en él desprenden los ramales de Marincho, de Porongos y otros. Al suroeste se destacan en el paisaje los cerros de Ojosmín. Posee abundantes areniscas de Palacio en su parte Norte, donde forman escarpas panorámicas, y al ser erosionadas dejan lugar a las llamadas grutas, como la del Palacio, típico de esta clase de formaciones, con curiosas columnas. Dicha arenisca ferruginosa, tiene una coloración rojiza característica, y se emplea para el arreglo de caminos. No faltan en Flores mares de piedra de corta extensión, en zonas donde aflora el granito (Marincho, Arroyo Grande), y en algunos cerros (Ojosmín).

Hidrografía
La Cuchilla Grande forma la divisoria principal del departamento, separando las cuencas del río Negro, de la del Santa Lucía; a este último corre el río San José, que nace en el departamento; hacia el río Negro se dirigen el río Yí y el arroyo Grande; la Cuchilla de Marincho separa los tributarios del arroyo Grande de los del río Yí, corriendo hacia este último el arroyo Porongos, que pasa a poca distancia de Trinidad, capital del departamento. Al sur el río San José, recibe al arroyo San Gregorio.